آگهی دفاع از رساله دکتری

دانشکده ریاضی، آمار و علوم کامپیوتر

عنوان:
روش های محاسباتی جهت برآورد داده های SHAPE روی RNA

دانشجو : سهیلا منتصری
رشته:  علوم کامپیوتر

استاد راهنما : دکتر محمد گنج تابش
استاد مشاور : دکتر فاطمه زارع میرک آباد

داوران: دکتر مهدی صادقی (پژوهشگاه دانشهای بنیادی)، دکتر شهریار عرب (دانشگاه تربیت مدرس)، دکتر عباس نوذری دالینی و دکتر مرتضی محمد نوری (دانشگاه تهران)

زمان : 28 شهریور ماه 1396 ساعت 2 بعداظهر
مکان : دانشکده ریاضی، آمار و علوم کامپیوتر، سالن هشترودی

چکیده:
در این رساله، روش جدیدی به نام ESD–Fold برای پیش بینی ساختار دوم RNA براساس انرژی آزاد و شبه انرژی آزاد ارائه می شود.  شبیه سازی محاسباتی داده SHAPE برای یک توالی RNA داده شده، به ساختار دوم آن نیاز دارد. در روش  ESD–Fold ما بر این محدودیت با به کاربردن جمعیتی از ساختارهای دوم غلبه نمودیم. به دلیل اهمیت بالای داده SHAPE در پیش بینی ساختار RNA، مدل های مختلفی برای شبیه سازی این داده برای هر RNA براساس توالی و ساختار دوم آن پیشنهاد می شوند. هم چنین مدلی به منظور شبیه سازی داده SHAPE برای ساختار دوم RNA با سودونات گسترش داده می شود. تأثیر داده SHAPE به ما انگیزه ای در استفاده از آن جهت پیش بینی برهم کنش بین دو مولکول RNA داد. روش پیشنهادی براساس کاهش تدریجی دما و داده SHAPE شبیه سازی شده می باشد. نتایج، کارایی و اعتبار الگوریتم های پیشنهادی را در مقایسه با روش های دیگر نشان می دهند.